論文 - 寺口　俊介

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  1. Robust detection of infectious disease, autoimmunity, and cancer from the paratope networks of adaptive immune receptors.，Briefings in bioinformatics，25巻 5号 ，2024年07月，Zichang Xu, Hendra S Ismanto, Dianita S Saputri, Soichiro Haruna, Guanqun Sun, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Ayan Sengupta, Songling Li, Daron M Standley

    DOI:10.1093/bib/bbae431，研究論文（学術雑誌），共著

  2. Th17 cells with a pathogenic signature in joints of ZAP-70 mutant arthritic mice harbor unique TCR repertoires that share features with WT Tregs，bioRxiv，2024年03月，Mara Llamas-Covarrubias, Atsushi Tanaka, Martin Loza, Diego Diez, Zichang Xu, Ee Lyn Lim, Shunsuke Teraguchi, Shimon Sakaguchi, Daron Standley

    DOI:10.1101/2024.03.01.582868，，共著

  3. Robust diagnosis of infectious disease, autoimmunity and cancer from the paratope networks of adaptive immune receptors，bioRxiv，2023年11月，Zichang Xu, Hendra S Ismanto, Dianita S Saputri, Soichiro Haruna, Guanqun Sun, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Ayan Sengupta, Songling Li, Daron Standley

    DOI:10.1101/2023.11.28.569125，，共著

  4. Improved Antibody-Specific Epitope Prediction Using AlphaFold and AbAdapt ，ChemBioChem，2022年09月，Zichang Xu, Ana Davila, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley

    DOI:10.1002/cbic.202200303，研究論文（学術雑誌），共著

  5. InterClone: Store, Search and Cluster Adaptive Immune Receptor Repertoires，bioRxiv，2022年08月，Jan Wilamowski, Zichang Xu, Hendra S Ismanto, Songling Li, Shunsuke Teraguchi, Mara Anais Llamas- Covarrubias, Xiuyuan Lu, Sho Yamasaki, Daron Standley

    DOI:10.1101/2022.07.31.501809，，共著

  6. AbAdapt: An adaptive approach to predicting antibody-antigen complex structures from sequence，Bioinformatics Advances，2022年03月，Ana Davila, Zichang Xu, Songling Li, John Rozewicki, Jan Wilamowski, Sergei Kotelnikov, Dima Kozakov, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley, Michael Gromiha

    DOI:10.1093/bioadv/vbac015，研究論文（学術雑誌），共著

  7. Unbiased integration of single cell transcriptome replicates，NAR Genomics and Bioinformatics，2022年01月，Martin Loza, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley, Diego Diez

    DOI:10.1093/nargab/lqac022，研究論文（学術雑誌），共著

  8. Flexible, Functional, and Familiar: Characteristics of SARS-CoV-2 Spike Protein Evolution，Frontiers in Microbiology，11巻 （頁 2112） ，2020年09月，Dianita S. Saputri, Songling Li, Floris J. van Eerden, John Rozewicki, Zichang Xu, Hendra S. Ismanto, Ana Davila, Shunsuke Teraguchi, Kazutaka Katoh, Daron M. Standley

    DOI:10.3389/fmicb.2020.02112，研究論文（学術雑誌），共著

  9. Genomic Heritabilities and Correlations of 17 Traits Related to Obesity and Associated Conditions in the Japanese Population，G3 Genes|Genomes|Genetics，10巻 7号 （頁 2221 ～ 2228） ，2020年07月，Olivier Gervais, Kazuko Ueno, Yosuke Kawai, Yuki Hitomi, Kazuharu Misawa, Shunsuke Teraguchi, Yen-Yen Wang, Katsushi Tokunaga, Masao Nagasaki

    DOI:10.1534/g3.120.401242，研究論文（学術雑誌），共著

  10. Methods for sequence and structural analysis of B and T cell receptor repertoires，Computational and Structural Biotechnology Journal，18巻 （頁 2000 ～ 2011） ，2020年07月，Shunsuke Teraguchi, Dianita S. Saputri, Mara Anais Llamas-Covarrubias, Ana Davila, Diego Diez, Sedat Aybars Nazlica, John Rozewicki, Hendra S. Ismanto, Jan Wilamowski, Jiaqi Xie, Zichang Xu, Martin de Jesus Loza-Lopez, Floris J. van Eerden, Songling Li, Daron M. Standley

    DOI:10.1016/j.csbj.2020.07.008，研究論文（学術雑誌），共著

  11. Functional clustering of B cell receptors using sequence and structural features，MOLECULAR SYSTEMS DESIGN & ENGINEERING，4巻 4号 （頁 769 ～ 778） ，2019年08月，Zichang Xu, Songling Li, John Rozewicki, Kazuo Yamashita, Shunsuke Teraguchi, Takeshi Inoue, Ryo Shinnakasu, Sarah Leach, Tomohiro Kurosaki, Daron M. Standley

    DOI:10.1039/c9me00021f，研究論文（学術雑誌），共著

  12. Theoretical modeling reveals that regulatory T cells increase T-cell interaction with antigen-presenting cells for stable immune tolerance，International Immunology，31巻 11号 （頁 743 ～ 753） ，2019年05月，Tomoyuki Yamaguchi, Shunsuke Teraguchi, Chikara Furusawa, Hiroaki Machiyama, Tomonobu M, Watanabe, Hideaki Fujita, Shimon Sakaguchi, Toshio Yanagida

    DOI:10.1093/intimm/dxz043，研究論文（学術雑誌），共著

  13. Structural Modeling of Lymphocyte Receptors and Their Antigens.，Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)，2048巻 （頁 207 ～ 229） ，2019年，Songling Li, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Floris J van Eerden, John Rozewicki, Ana Davila, Zichang Xu, Kazutaka Katoh, Daron M Standley

    DOI:10.1007/978-1-4939-9728-2_17，研究論文（学術雑誌），共著

  14. Identification of a two-SNP PLA2R1 Haplotype and HLA-DRB1 Alleles as Primary Risk Associations in Idiopathic Membranous Nephropathy，Scientific Reports，8巻 1号 ，2018年10月，Khun Zaw Latt, Kenjiro Honda, Myo Thiri, Yuki Hitomi, Yosuke Omae, Hiromi Sawai, Yosuke Kawai, Shunsuke Teraguchi, Kazuko Ueno, Masao Nagasaki, Akihiko Mabuchi, Hajime Kaga, Atsushi Komatsuda, Katsushi Tokunaga, Eisei Noiri

    DOI:10.1038/s41598-018-33612-7，，共著

  15. Estimation of diffusion constants from single molecular measurement without explicit tracking，BMC Systems Biology，12巻 S1号 ，2018年04月，Shunsuke Teraguchi, Yutaro Kumagai

    DOI:10.1186/s12918-018-0526-5，研究論文（学術雑誌），共著

  16. Mapping circulating serum miRNAs to their immune-related target mRNAs.，Advances and applications in bioinformatics and chemistry : AABC，10巻 （頁 1 ～ 9） ，2017年，Bakhtiyor Nosirov, Joël Billaud, Alexis Vandenbon, Diego Diez, Edward Wijaya, Ken J Ishii, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley

    DOI:10.2147/AABC.S121598，研究論文（学術雑誌），共著

  17. Genome-wide map of RNA degradation kinetics patterns in dendritic cells after LPS stimulation facilitates identification of primary sequence and secondary structure motifs in mRNAs，BMC GENOMICS，17巻 S13号 ，2016年12月，Yutaro Kumagai, Alexis Vandenbon, Shunsuke Teraguchi, Shizuo Akira, Yutaka Suzuki

    DOI:10.1186/s12864-016-3325-7，研究論文（学術雑誌），共著

  18. A rare subset of skin-tropic regulatory T cells expressing Il10/Gzmb inhibits the cutaneous immune response，SCIENTIFIC REPORTS，6巻 1号 ，2016年10月，Ryoyo Ikebuchi, Shunsuke Teraguchi, Alexis Vandenbon, Tetsuya Honda, Francis H. W. Shand, Yasutaka Nakanishi, Takeshi Watanabe, Michio Tomura

    DOI:10.1038/srep35002，研究論文（学術雑誌），共著

  19. Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system，PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA，113巻 17号 （頁 E2393 ～ E2402） ，2016年04月，Alexis Vandenbon, Viet H. Dinh, Norihisa Mikami, Yohko Kitagawa, Shunsuke Teraguchi, Naganari Ohkura, Shimon Sakaguchi

    DOI:10.1073/pnas.1604351113，研究論文（学術雑誌），共著

  20. Dynamics of enhancers in myeloid antigen presenting cells upon LPS stimulation，BMC GENOMICS，15巻 Suppl 10号 （頁 S4 ～ ） ，2014年12月，Alexis Vandenbon, Shunsuke Teraguchi, Osamu Takeuchi, Yutaka Suzuki, Daron M. Standley

    DOI:10.1186/1471-2164-15-S10-S4，研究論文（学術雑誌），共著

  21. Intrinsic Disorder Mediates Cooperative Signal Transduction in STIM1，JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY，426巻 10号 （頁 2082 ～ 2097） ，2014年05月，Yukio Furukawa, Shunsuke Teraguchi, Takahisa Ikegami, Onur Dagliyan, Lin Jin, Damien Hall, Nikolay V. Dokholyan, Keiichi Namba, Shizuo Akira, Tomohiro Kurosaki, Yoshihiro Baba, Daron M. Standley

    DOI:10.1016/j.jmb.2014.03.006，研究論文（学術雑誌），共著

  22. Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions，Proteins: Structure, Function and Bioinformatics，81巻 11号 （頁 1980 ～ 1987） ，2013年11月，Rocco Moretti, Sarel J. Fleishman, Rudi Agius, Mieczyslaw Torchala, Paul A. Bates, Panagiotis L. Kastritis, João P. G. L. M. Rodrigues, Mikaël Trellet, Alexandre M. J. J. Bonvin, Meng Cui, Marianne Rooman, Dimitri Gillis, Yves Dehouck, Iain Moal, Miguel Romero-Durana, Laura Perez-Cano, Chiara Pallara, Brian Jimenez, Juan Fernandez-Recio, Samuel Flores, Michael Pacella, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey J. Gray, Petr Popov, Sergei Grudinin, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Nan Zhao, Dmitry Korkin, Xiaolei Zhu, Omar N. A. Demerdash, Julie C. Mitchell, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura, Hasup Lee, Hahnbeom Park, Chaok Seok, Jamica Sarmiento, Shide Liang, Shusuke Teraguchi, Daron M. Standley, Hiromitsu Shimoyama, Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Dmitri Beglov, David R. Hall, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Brian G. Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven, Zhiping Weng, Yangyu Huang, Haotian Li, Xiufeng Yang, Xiaofeng Ji, Shiyong Liu, Yi Xiao, Martin Zacharias, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Sameer Velankar, Joël Janin, Shoshana J. Wodak, David Baker

    DOI:10.1002/prot.24356，研究論文（学術雑誌），共著

  23. A Parzen window-based approach for the detection of locally enriched transcription factor binding sites，BMC BIOINFORMATICS，14巻 1号 （頁 26 ～ ） ，2013年01月，Alexis Vandenbon, Yutaro Kumagai, Shunsuke Teraguchi, Karlou Mar Amada, Shizuo Akira, Daron M. Standley

    DOI:10.1186/1471-2105-14-26，研究論文（学術雑誌），共著

  24. Systems biology approaches to toll-like receptor signaling，WILEY INTERDISCIPLINARY REVIEWS-SYSTEMS BIOLOGY AND MEDICINE，4巻 5号 （頁 497 ～ 507） ，2012年09月，Alexis Vandenbon, Shunsuke Teraguchi, Shizuo Akira, Kiyoshi Takeda, Daron M. Standley

    DOI:10.1002/wsbm.1178，研究論文（学術雑誌），共著

  25. On open-closed extension of boundary string field theory，JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS，2012巻 7号 ，2012年07月，Akira Ishida, Shunsuke Teraguchi

    DOI:10.1007/JHEP07(2012)059，研究論文（学術雑誌），共著

  26. FUNCTIONAL ANNOTATION OF INTRINSICALLY DISORDERED DOMAINS BY THEIR AMINO ACID CONTENT USING IDD NAVIGATOR，PACIFIC SYMPOSIUM ON BIOCOMPUTING 2012 （頁 164 ～ 175） ，2012年，Ashwini Patil, Shunsuke Teraguchi, Huy Dinh, Kenta Nakai, Daron M. Standley

    DOI:10.1142/9789814366496_0016，研究論文（国際会議プロシーディングス），共著

  27. Stochastic binary modeling of cells in continuous time as an alternative to biochemical reaction equations，PHYSICAL REVIEW E，84巻 6号 ，2011年12月，Shunsuke Teraguchi, Yutaro Kumagai, Alexis Vandenbon, Shizuo Akira, Daron M. Standley

    DOI:10.1103/PhysRevE.84.062903，研究論文（学術雑誌），共著

  28. Heterotic E-6 GUTs and partition functions，JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS，2011巻 12号 ，2011年12月，Motoharu Ito, Shogo Kuwakino, Nobuhiro Maekawa, Sanefumi Moriyama, Keijiro Takahashi, Kazuaki Takei, Shunsuke Teraguchi, Toshifumi Yamashita

    DOI:10.1007/JHEP12(2011)100，研究論文（学術雑誌），共著

  29. The IκB kinase complex regulates the stability of cytokine-encoding mRNA induced by TLR–IL-1R by controlling degradation of regnase-1，Nature Immunology，12巻 12号 （頁 1167 ～ U57） ，2011年12月，Hidenori Iwasaki, Osamu Takeuchi, Shunsuke Teraguchi, Kazufumi Matsushita, Takuya Uehata, Kanako Kuniyoshi, Takashi Satoh, Tatsuya Saitoh, Mutsuyoshi Matsushita, Daron M Standley, Shizuo Akira

    DOI:10.1038/ni.2137，研究論文（学術雑誌），共著

  30. E-6 grand unified theory with three generations from heterotic string theory，PHYSICAL REVIEW D，83巻 9号 ，2011年05月，Motoharu Ito, Shogo Kuwakino, Nobuhiro Maekawa, Sanefumi Moriyama, Keijiro Takahashi, Kazuaki Takei, Shunsuke Teraguchi, Toshifumi Yamashita

    DOI:10.1103/PhysRevD.83.091703，研究論文（学術雑誌），共著

  31. Intrinsically disordered domains deviate significantly from random sequences in mammalian proteins，BMC BIOINFORMATICS，11巻 7号 （頁 S7 ～ ） ，2010年10月，Shunsuke Teraguchi, Ashwini Patil, Daron M. Standley

    DOI:10.1186/1471-2105-11-S7-S7，研究論文（学術雑誌），共著

  32. On the general action of boundary (super) string field theory，JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS，2008巻 7号 （頁 020 ～ ） ，2008年07月，Akira Ishida, Shunsuke Teraguchi

    DOI:10.1088/1126-6708/2008/07/020，研究論文（学術雑誌），共著

  33. Reformulation of boundary string field theory in terms of boundary state，INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS A，23巻 14-15号 （頁 2281 ～ 2282） ，2008年06月，Shunsuke Teraguchi

    DOI:10.1142/s0217751x08041098，研究論文（学術雑誌），共著

  34. Drag force, jet quenching, and an AdS/QCD model，PHYSICAL REVIEW D，75巻 8号 ，2007年04月，Eiji Nakano, Shunsuke Teraguchi, Wen-Yu Wen

    DOI:10.1103/PhysRevD.75.085016，研究論文（学術雑誌），共著

  35. Reformulation of boundary string field theory in terms of boundary state，JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS，2007巻 2号 （頁 017 ～ ） ，2007年02月，Shunsuke Teraguchi

    DOI:10.1088/1126-6708/2007/02/017，研究論文（学術雑誌），共著

  36. Comments on the high energy limit of bosonic open string theory，NUCLEAR PHYSICS B，749巻 1-3号 （頁 266 ～ 279） ，2006年08月，Chuan-Tsung Chan, Pei-Ming Ho, Jen-Chi Lee, Shunsuke Teraguchi, Yi Yang

    DOI:10.1016/j.nuclphysb.2006.05.023，研究論文（学術雑誌），共著

  37. Twist field as three string interaction vertex in light-cone string field theory，NUCLEAR PHYSICS B，744巻 1-2号 （頁 221 ～ 237） ，2006年06月，Isao Kishimoto, Sanefumi Moriyama, Shunsuke Teraguchi

    DOI:10.1016/j.nuclphysb.2006.03.035，研究論文（学術雑誌），共著

  38. High-energy zero-norm states and symmetries of string theory，PHYSICAL REVIEW LETTERS，96巻 17号 ，2006年05月，CT Chan, PM Ho, JC Lee, S Teraguchi, Y Yang

    DOI:10.1103/PhysRevLett.96.171601，研究論文（学術雑誌），共著

  39. Zero-norm states and stringy symmetries，Journal of Physics: Conference Series，33巻 （頁 367 ～ ） ，2006年03月，Chuan-Tsung Chan, Pei-Ming Ho, Jen-Chi Lee, Shunsuke Teraguchi, Yi Yang

    DOI:10.1088/1742-6596/33/1/045，，共著

  40. Zero-norm states and stringy symmetries，CENTURY OF RELATIVITY PHYSICS，841巻 （頁 484 ～ +） ，2006年，Chuan-Tsung Chan, Pei-Ming Ho, Jen-Chi Lee, Shunsuke Teraguchi, Yi-Yang

    研究論文（国際会議プロシーディングス），共著

  41. Solving all 4-point correlation functions for bosonic open string theory in the high-energy limit，NUCLEAR PHYSICS B，725巻 1-2号 （頁 352 ～ 382） ，2005年10月，CT Chan, PM Ho, JC Lee, S Teraguchi, Y Yang

    DOI:10.1016/j.nuclphysb.2005.07.018，研究論文（学術雑誌），共著

  42. Massless boundary sine-Gordon model coupled to external fields，JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS，2005巻 1号 （頁 048 ～ ） ，2005年01月，H Kogetsu, S Teraguchi

    DOI:10.1088/1126-6708/2005/01/048，研究論文（学術雑誌），共著

  43. Gauge structure of vacuum string field theory，JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS，2004巻 2号 （頁 045 ～ ） ，2004年02月，H Hata, H Kogetsu, S Teraguchi

    DOI:10.1088/1126-6708/2004/02/045，研究論文（学術雑誌），共著

  44. Exact results on twist anomaly，JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS，2002巻 2号 （頁 036 ～ ） ，2002年02月，H Hata, S Moriyama, S Teraguchi

    DOI:10.1088/1126-6708/2002/02/036，研究論文（学術雑誌），共著

  45. Test of the absence of kinetic terms around the tachyon vacuum in cubic string field theory，JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS，2001巻 5号 （頁 045 ～ ） ，2001年05月，H Hata, S Teraguchi

    DOI:10.1088/1126-6708/2001/05/045，研究論文（学術雑誌），共著

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