論文 - 寺口　俊介

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  1. Robust detection of infectious disease, autoimmunity, and cancer from the paratope networks of adaptive immune receptors.，Briefings in bioinformatics，25巻 5号 ，2024年07月，Zichang Xu, Hendra S Ismanto, Dianita S Saputri, Soichiro Haruna, Guanqun Sun, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Ayan Sengupta, Songling Li, Daron M Standley

    DOI:10.1093/bib/bbae431，研究論文（学術雑誌），共著

  2. Th17 cells with a pathogenic signature in joints of ZAP-70 mutant arthritic mice harbor unique TCR repertoires that share features with WT Tregs，bioRxiv，2024年03月，Mara Llamas-Covarrubias, Atsushi Tanaka, Martin Loza, Diego Diez, Zichang Xu, Ee Lyn Lim, Shunsuke Teraguchi, Shimon Sakaguchi, Daron Standley

    DOI:10.1101/2024.03.01.582868，，共著

  3. Robust diagnosis of infectious disease, autoimmunity and cancer from the paratope networks of adaptive immune receptors，bioRxiv，2023年11月，Zichang Xu, Hendra S Ismanto, Dianita S Saputri, Soichiro Haruna, Guanqun Sun, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Ayan Sengupta, Songling Li, Daron Standley

    DOI:10.1101/2023.11.28.569125，，共著

  4. Improved Antibody-Specific Epitope Prediction Using AlphaFold and AbAdapt ，ChemBioChem，2022年09月，Zichang Xu, Ana Davila, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley

    DOI:10.1002/cbic.202200303，研究論文（学術雑誌），共著

  5. InterClone: Store, Search and Cluster Adaptive Immune Receptor Repertoires，bioRxiv，2022年08月，Jan Wilamowski, Zichang Xu, Hendra S Ismanto, Songling Li, Shunsuke Teraguchi, Mara Anais Llamas- Covarrubias, Xiuyuan Lu, Sho Yamasaki, Daron Standley

    DOI:10.1101/2022.07.31.501809，，共著

  6. AbAdapt: An adaptive approach to predicting antibody-antigen complex structures from sequence，Bioinformatics Advances，2022年03月，Ana Davila, Zichang Xu, Songling Li, John Rozewicki, Jan Wilamowski, Sergei Kotelnikov, Dima Kozakov, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley, Michael Gromiha

    DOI:10.1093/bioadv/vbac015，研究論文（学術雑誌），共著

  7. Unbiased integration of single cell transcriptome replicates，NAR Genomics and Bioinformatics，2022年01月，Martin Loza, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley, Diego Diez

    DOI:10.1093/nargab/lqac022，研究論文（学術雑誌），共著

  8. Flexible, Functional, and Familiar: Characteristics of SARS-CoV-2 Spike Protein Evolution，Frontiers in Microbiology，11巻 （頁 2112） ，2020年09月，Dianita S. Saputri, Songling Li, Floris J. van Eerden, John Rozewicki, Zichang Xu, Hendra S. Ismanto, Ana Davila, Shunsuke Teraguchi, Kazutaka Katoh, Daron M. Standley

    DOI:10.3389/fmicb.2020.02112，研究論文（学術雑誌），共著

  9. Genomic Heritabilities and Correlations of 17 Traits Related to Obesity and Associated Conditions in the Japanese Population，G3 Genes|Genomes|Genetics，10巻 7号 （頁 2221 ～ 2228） ，2020年07月，Olivier Gervais, Kazuko Ueno, Yosuke Kawai, Yuki Hitomi, Kazuharu Misawa, Shunsuke Teraguchi, Yen-Yen Wang, Katsushi Tokunaga, Masao Nagasaki

    DOI:10.1534/g3.120.401242，研究論文（学術雑誌），共著

  10. Methods for sequence and structural analysis of B and T cell receptor repertoires，Computational and Structural Biotechnology Journal，18巻 （頁 2000 ～ 2011） ，2020年07月，Shunsuke Teraguchi, Dianita S. Saputri, Mara Anais Llamas-Covarrubias, Ana Davila, Diego Diez, Sedat Aybars Nazlica, John Rozewicki, Hendra S. Ismanto, Jan Wilamowski, Jiaqi Xie, Zichang Xu, Martin de Jesus Loza-Lopez, Floris J. van Eerden, Songling Li, Daron M. Standley

    DOI:10.1016/j.csbj.2020.07.008，研究論文（学術雑誌），共著

  11. Functional clustering of B cell receptors using sequence and structural features，MOLECULAR SYSTEMS DESIGN & ENGINEERING，4巻 4号 （頁 769 ～ 778） ，2019年08月，Zichang Xu, Songling Li, John Rozewicki, Kazuo Yamashita, Shunsuke Teraguchi, Takeshi Inoue, Ryo Shinnakasu, Sarah Leach, Tomohiro Kurosaki, Daron M. Standley

    DOI:10.1039/c9me00021f，研究論文（学術雑誌），共著

  12. Theoretical modeling reveals that regulatory T cells increase T-cell interaction with antigen-presenting cells for stable immune tolerance，International Immunology，31巻 11号 （頁 743 ～ 753） ，2019年05月，Tomoyuki Yamaguchi, Shunsuke Teraguchi, Chikara Furusawa, Hiroaki Machiyama, Tomonobu M, Watanabe, Hideaki Fujita, Shimon Sakaguchi, Toshio Yanagida

    DOI:10.1093/intimm/dxz043，研究論文（学術雑誌），共著

  13. Structural Modeling of Lymphocyte Receptors and Their Antigens.，Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)，2048巻 （頁 207 ～ 229） ，2019年，Songling Li, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Floris J van Eerden, John Rozewicki, Ana Davila, Zichang Xu, Kazutaka Katoh, Daron M Standley

    DOI:10.1007/978-1-4939-9728-2_17，研究論文（学術雑誌），共著

  14. Identification of a two-SNP PLA2R1 Haplotype and HLA-DRB1 Alleles as Primary Risk Associations in Idiopathic Membranous Nephropathy，Scientific Reports，8巻 1号 ，2018年10月，Khun Zaw Latt, Kenjiro Honda, Myo Thiri, Yuki Hitomi, Yosuke Omae, Hiromi Sawai, Yosuke Kawai, Shunsuke Teraguchi, Kazuko Ueno, Masao Nagasaki, Akihiko Mabuchi, Hajime Kaga, Atsushi Komatsuda, Katsushi Tokunaga, Eisei Noiri

    DOI:10.1038/s41598-018-33612-7，，共著

  15. Estimation of diffusion constants from single molecular measurement without explicit tracking，BMC Systems Biology，12巻 S1号 ，2018年04月，Shunsuke Teraguchi, Yutaro Kumagai

    DOI:10.1186/s12918-018-0526-5，研究論文（学術雑誌），共著

  16. Mapping circulating serum miRNAs to their immune-related target mRNAs.，Advances and applications in bioinformatics and chemistry : AABC，10巻 （頁 1 ～ 9） ，2017年，Bakhtiyor Nosirov, Joël Billaud, Alexis Vandenbon, Diego Diez, Edward Wijaya, Ken J Ishii, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley

    DOI:10.2147/AABC.S121598，研究論文（学術雑誌），共著

  17. Genome-wide map of RNA degradation kinetics patterns in dendritic cells after LPS stimulation facilitates identification of primary sequence and secondary structure motifs in mRNAs，BMC GENOMICS，17巻 S13号 ，2016年12月，Yutaro Kumagai, Alexis Vandenbon, Shunsuke Teraguchi, Shizuo Akira, Yutaka Suzuki

    DOI:10.1186/s12864-016-3325-7，研究論文（学術雑誌），共著

  18. A rare subset of skin-tropic regulatory T cells expressing Il10/Gzmb inhibits the cutaneous immune response，SCIENTIFIC REPORTS，6巻 1号 ，2016年10月，Ryoyo Ikebuchi, Shunsuke Teraguchi, Alexis Vandenbon, Tetsuya Honda, Francis H. W. Shand, Yasutaka Nakanishi, Takeshi Watanabe, Michio Tomura

    DOI:10.1038/srep35002，研究論文（学術雑誌），共著

  19. Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system，PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA，113巻 17号 （頁 E2393 ～ E2402） ，2016年04月，Alexis Vandenbon, Viet H. Dinh, Norihisa Mikami, Yohko Kitagawa, Shunsuke Teraguchi, Naganari Ohkura, Shimon Sakaguchi

    DOI:10.1073/pnas.1604351113，研究論文（学術雑誌），共著

  20. Dynamics of enhancers in myeloid antigen presenting cells upon LPS stimulation，BMC GENOMICS，15巻 Suppl 10号 （頁 S4 ～ ） ，2014年12月，Alexis Vandenbon, Shunsuke Teraguchi, Osamu Takeuchi, Yutaka Suzuki, Daron M. Standley

    DOI:10.1186/1471-2164-15-S10-S4，研究論文（学術雑誌），共著

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